Nel 1863 il Duca di Saldanha giunge a Roma come ambasciatore del Re del Portogallo, ed inizia quasi simultaneamente una polemica con i governatori dell’Istituzione, sostituendo la Congregazione Generale con una Commissione Amministrativa di sua fiducia. Questa situazione durerà fino all’inizio del 1866, quando si convoca di nuovo la Congregazione Generale.

Comincia intanto una nuova fase nella storia di Sant’Antonio dei Portoghesi – che prende l’attuale designazione di I.P.S.A.R. – in cui la tutela dell’Istituzione passa dalla Chiesa allo Stato Portoghese, rappresentato a Roma dall’Ambasciatore.

A questa trasformazione fanno seguito una serie di restauri in Chiesa e negli edifici dell’Istituto, in cui appare evidente il desiderio di affermare questa nuova autorità attraverso l’esaltazione del vigore nazionalista dell’istituzione: la preoccupazione di rappresentare nella Chiesa un vero e proprio “pantheon” di Santi Nazionali, viene posto su ciascun edificio o spazio dell’Istituto lo stemma della Dinastia di Bragança così come nella fontana costruita nel cortile dell’Istituto, viene fatto riferimento al Re D. Luís.

Costa Cabral

Ambasciatore dal Luglio 1870, Costa Cabral ottiene dal re la nomina di una commissione per la rielaborazione degli Statuti, approvati nel Dicembre del 1871. Accompagnerà la vita dell’Istituto nel difficile momento dell’ultima piena del Tevere, nell’inverno del 1870.

La Repubblica

Con l’avvento della Repubblica (5 Ottobre 1910), si interrompono le relazioni diplomatiche tra Portogallo e la Santa Sede, e la successiva laicizzazione dell’Istituto, riconosciuta nei nuovi Statuti che la Rappresentanza diplomatica Portoghese a Roma fa approvare, ponendo Sant’Antonio dei Portoghesi sotto autorità del Ministero delle Finanze. L’anti-clericalismo della I Repubblica è evidente e determina l’abolizione della dedicazione religiosa, prendendo il nome, in questo periodo, di Istituto Portoghese in Roma.
Sono privilegiati i fini culturali dell’istituzione, e la sua gestione è affidata ad un amministratore-direttore, funzionario dello stato portoghese.

Il ripristino delle relazioni diplomatiche con il Vaticano, determina una riformulazione degli statuti nel 1919: la soluzione di compromesso trovata mantiene la denominazione laica dell’Istituto, ma riduce i poteri dell’ambasciatore e crea la carica del Rettore.

Nel Concordato firmato tra lo Stato Portoghese e la Santa Sede, nel 1940, l’Istituto non era contemplato. Ma il decreto 36:882 del 22 maggio 1948 restituisce la denominazione e la vocazione religiosa dell’Istituto, unificando le funzioni di Rettore e Amministratore, garantendo così un allargamento del suo potere.

Sono datati 1952 gli ultimi Statuti dell’IPSAR, che determinano la manutenzione delle funzioni culturali, concedendo tuttavia la priorità ai fini religiosi e di assistenza e garantendo al Rettore (nominato dal Governo portoghese) un’autonomia quasi totale, riconsegnando così alla Chiesa il suo storico potere di intervento e decisione nell’Istituto.